Investigadores del Instituto Salk (California, Estados Unidos) han utilizado las últimas tecnologías de secuenciación de ADN para estudiar exactamente qué sucede a nivel molecular cuando se insertan nuevos genes en las plantas. Los científicos generalmente confían en Agrobacterium tumefaciens cuando quieren poner un nuevo gen en una planta. Hace décadas, los científicos descubrieron que cuando la bacteria infectaba un árbol, transfería parte de su ADN al genoma del árbol. Desde entonces, los investigadores han optado por esta capacidad de transferencia de Agrobacterium para sus propios fines, utilizando su transferencia de ADN (T-ADN) para mover un gen deseado a una planta.
Recientemente, las nuevas tecnologías de secuenciación de ADN comenzaron a insinuar que cuando se usa Agrobacterium T-DNA para insertar nuevos genes en una planta puede causar cambios adicionales en las propiedades químicas y estructurales del ADN nativo. Dado que el enfoque de T-ADN puede llevar a una integración de muchas copias de un gen deseado en una planta, puede ser difícil estudiar el resultado final con la secuenciación de ADN estándar.
Joseph Ecker, profesor del Laboratorio de Biología Molecular y Celular de Plantas de Salk y jefe del Laboratorio de Análisis Genómico, y sus colegas recurrieron a una nueva combinación de enfoques. Estos incluyen mapeo óptico y secuenciación de nanoporos. Aplicaron las tecnologías a cuatro líneas de ADN-T seleccionadas al azar de Arabidopsis thaliana, una planta modelo utilizada comúnmente en biología.
El mapeo óptico reveló que las plantas tenían entre una y siete inserciones o reordenamientos distintos en sus genomas. La secuenciación de nanoporos y la reconstrucción de los genomas de dos líneas confirmaron las inserciones a una resolución de una sola letra. Las inserciones genéticas en sí mismas mostraron una variedad de patrones, con el fragmento de ADN insertado a veces mezclado, invertido o incluso silenciado.
[FUENTE: Salk News]
