Un equipo de investigadores japoneses ha desarrollado una nueva base de datos que permitirá a los científicos la identificación de funciones desconocidas de genes de plantas. La base de datos se ha conseguido a través del análisis de estructuras de proteínas codificadas por genes todavía desconocidos y centrándose en seis plantas representativas de las especies: Arabidopsis thaliana, Glycine max (soja), Populus trichocarpa (álamo), Oryza sativa (arroz), Physcomitrella patens (MOSS) y merolae Cyanidioschycon (algas)
Llos investigadores llevaron a cabo un modelado computacional para predecir la propiedades físico-químicas y la estructura de las proteínas de su genoma. Se analizaron las características de la estructura tridimensional específica a la proteína con su función, y fueron objeto de un análisis más profundo que llevó a la identificación de las regiones en las proteínas que eran funcionales.
Tetsuya Sakurai, líder de la investigación, explica que “cada proteína se pliega, creando la cadena lineal de aminoácidos que forman la proteína para lograr una estructura tridimensional definida (…) La información sobre estos pliegues de proteínas puede ayudar a dilucidar la función del gen correspondiente, y es que las estructuras son altamente específicas y relacionadas con las funciones de cada proteína.”
Los investigadores han identificado unas 52.000 regiones funcionales de las proteínas a partir de las seis plantas seleccionadas inicialmente. Con estos resultados se ha construido la base de datos denominada Plant Protein Annotation Suite o Plant-PrAs, destinada a facilitar la labor a los investigadores a la hora de identificar los genes de las plantas y mejorarlas.
“La investigación estructural de proteínas y la funcionalidad de los genes en plantas está menos avanzada que la de los animales y las bacterias (…) Hemos desarrollado esta base de datos de plantas para cubrir esta deficiencia. La base de datos alberga información única sobre las plantas, información que se puede descargar y usar “, concluye Ttsuya Sakurai.
[FUENTE: Riken Research]
