Científicos informáticos de la Universidad DePaul en los Estados Unidos ha utilizado un flujo de trabajo de bioinformática para reconstruir uno de los genomas más completos de una de las principales especies de algodón, el cultivar Wagad de Gossypium herbaceum domesticado en África, lo que les dio a los científicos una imagen más completa de cómo se domesticó el algodón silvestre a lo largo del tiempo.
El equipo de investigación está dirigido por Thiru Ramaraj, profesora asistente de informática en el Jarvis College of Computing and Digital Media de DePaul y también autora principal de la publicación en la revista G3: Genes, Genomes, Genetics. Su trabajo comenzó con el procesamiento de datos de secuencias de ADN. Reconstruyeron el genoma de Wagad ensamblando datos de secuencias largas de ADN de alta calidad generados con la tecnología de secuenciación de Pacific Biosciences. Luego utilizaron mapas de genoma completo de la genómica de Bionano para ordenar y orientar el ensamblaje inicial. Por último, utilizaron datos de secuencia Hi-C de Phase genomics para construir un genoma a nivel cromosómico.
La estudiante de posgrado en informática Azalea Mendoza ayudó al equipo y realizó una investigación sobre la historia del algodón para alejarse y comprender “el panorama general”. Descubrió que en todas partes donde se cultiva algodón, se usa principalmente para fibra. Usando genómica comparativa, Mendoza buscó variaciones contra su pariente más cercano y un grupo externo. También investigó los genes anotados y anotó sus funciones, y descubrió que muchos genes estaban relacionados con el contenido de fibra.
Más información en el artículo de DePaul Newsroom y en el paper G3: Genes, Genomes, Genetics.
